Münchenstein hat mit einem Bewaldungsanteil von rund 23 % im Vergleich zu anderen Gemeinden im Baselbiet eine geringe Waldfläche. Die grössten zusammenhängenden Waldflächen Münchensteins liegen im Gebiet Asp, Eselhalde, Winterhalde und Hintere Ebni im östlichen Teil der Gemeinde. Der Flurname „Asp“ weist auf die Aspe oder die Espe, eine Zitterpappel hin. An den Waldrändern zwischen Rütihard- und Asphof kommen Hirschkäfer vor. Eine Besonderheit ist der Waldmeister-Buchenwald der Asp-Ebene. Da die Eiche mehreren hundert Tier- und Pflanzenarten als Nahrungsquelle oder als Lebensraum dient, wurden auf Initiative des NVVM 2012 im Aspwald 220 Traubeneichen gepflanzt.
Der Aspwald schliesst an das Gebiet Rothallen an der Grenze zwischen Muttenz und Münchenstein an. Es wurde 1998 als Objekt von regionaler Bedeutung in das Inventar der geschützten Naturobjekte des Kantons Basel-Landschaft aufgenommen. Rothallen ist einer der herausragenden eichenreichen Wälder in der Region Basel und beinhaltet einen botanisch interessanten "Buchen-Seggen-Wald“. Viele Erholungsuchende treffen sich hier und im Gebiet Asp. Die grosse, vielfältige Nutzung des Waldes, ist aber auch eines seiner grössten Probleme. Um das sensible Waldgebiet zu schützen wurden „Bike-Sperren“ gebaut, damit der Wald weitgehend sich selber überlassen werden kann. Die alten Bäume beherbergen seltene Käfer und Vogelarten und Fledermäuse sind keine Seltenheit mehr. Im Gebiet Asp/Rothallen gibt es neben den besonders mächtigen Buchenstämmen auch Schwarzspechte und Mittelspechte. Auch andere Vögel z.B. Mäusebussard, Buntspecht, Grünspecht, Mehl- und Rauchschwalbe, Mönchsgrasmücke, Zilpzalp, Fitis, Sommergoldhähnchen, Wintergoldhähnchen, Kleiber und Goldammer lassen sich beobachten. Von Muttenz her hört man im Frühjahr den Pirol.